Seawater Sampling and Collection

This video documents methods for collecting coastal marine water samples and processing them for various downstream applications including biomass ...

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Large Volume (20L+) Filtration of Coastal Seawater Samples

The workflow begins with the collection of coastal marine waters for downstream microbial community, nutrient and trace gas analyses. For this method, ...

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Small Volume (1-3L) Filtration of Coastal Seawater Samples

The workflow begins with the collection of coastal marine waters for downstream microbial community, nutrient and trace gas analyses. For today s ...

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DNA Extraction from 0.22 &mu;M Sterivex Filters and Cesium Chloride Density Gradient Centrifugation

This method is used to extract high molecular weight genomic DNA from planktonic biomass concentrated on 0.22 &mu;M Sterivex filters that have been ...

University of British Columbia - UBC

&#x6EB6;&#x89E3;&#x7684;&#x6C27;&#x6D53;&#x5EA6;&#x5728;&#x5F62;&#x6210;&#x751F;&#x7269;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x548C;&#x6D77;&#x6D0B;&#x751F;&#x6001;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x5185;&#x7684;&#x517B;&#x5206;&#x6D41;&#x52A8;&#x6709;&#x91CD;&#x5927;&#x4F5C;&#x7528;&#x3002;&#x5728;&#x5168;&#x7403;&#x6D77;&#x6D0B;&#x4E2D;&#xFF0C;&#x6574;&#x4E2A;&#x533A;&#x57DF;&#x4F4E;&#x6EB6;&#x89E3;&#x7684;&#x6C27;&#x6D53;&#x5EA6; &#xFF08;&#x7F3A;&#x6C27;&#xFF09; &#x662F;&#x6C34;&#x67F1;&#x4E0E;&#x751F;&#x4EA7;&#x529B;&#x548C;&#x6E29;&#x5BA4;&#x6C14;&#x4F53;&#x7684;&#x4E3B;&#x8981;&#x53CD;&#x9988;&#x5171;&#x540C;&#x548C;&#x6269;&#x5C55;&#x529F;&#x80FD;&#x9A91;&#x81EA;&#x884C;&#x8F66;&#x3002;&#x4E3A;&#x4E86;&#x66F4;&#x597D;&#x5730;&#x4E86;&#x89E3;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x591A;&#x6837;&#x6027;&#x57FA;&#x7840;&#x5185;&#x6C27;&#x6C14;&#x4E0D;&#x8DB3;&#x7684;&#x5927;&#x6D0B;&#x6C34;&#x57DF;&#x7684;&#x751F;&#x7269;&#x5730;&#x7403;&#x5316;&#x5B66;&#x8F6C;&#x6362;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x76D1;&#x6D4B;&#x548C;&#x91CF;&#x5316;&#x7684;&#x7EC6;&#x83CC;&#x548C;&#x53E4;&#x83CC;&#x7FA4;&#x843D;&#x52A8;&#x6001;&#x4E0E;&#x6EB6;&#x89E3;&#x6C14;&#x4F53;&#x548C;&#x517B;&#x5206;&#x7684;&#x5B63;&#x8282;&#x6027;&#x5206;&#x5C42;&#x548C;&#x6DF1;&#x5C42;&#x6C34;&#x91CD;&#x5EFA;&#x671F;&#x95F4;&#x5FAA;&#x73AF;&#x8428;&#x5C3C;&#x5947;&#x5165;&#x53E3;&#xFF0C;&#x4E0D;&#x5217;&#x98A0;&#x54E5;&#x4F26;&#x6BD4;&#x4E9A;&#x7701;&#xFF0C;&#x5B63;&#x8282;&#x6027;&#x7F3A;&#x6C27;&#x7684;&#x5CE1;&#x6E7E;&#x3002;&#x5927;&#x91CF;&#x5206;&#x533A;&#x5305;&#x62EC; Nitrospina &#x548C; SAR324 &#x7684;&#x8D2B;&#x6C27;&#x6C34;&#x57DF;&#x5185;&#x7684;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7EC4;&#x96B6;&#x5C5E;&#x4E8E;&#x4E09;&#x89D2;&#x6D32;-proteobacteria&#x3001; SAR406 &#x548C;&#x4F3D;&#x739B; proteobacteria thiotrophic gill &#x5171;&#x751F;&#x7684;&#x6DF1;&#x6D77;&#x86AC;&#x3001; &#x87BA;&#x7B49;&#x6709;&#x5173;&#x3002;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x591A;&#x6837;&#x6027;&#x5927;&#x5927;&#x964D;&#x4F4E;&#x7F3A;&#x6C27;&#x76C6;&#x5730;&#x6C34;&#x57DF;&#x5185;&#x7F3A;&#x6C27;&#x8FC7;&#x6E21;&#x533A;&#x5185;&#x6700;&#x9AD8;&#x800C;&#x4E14;&#x65F6;&#x95F4;&#x6A21;&#x5F0F;&#x7684;&#x751F;&#x6001;&#x4F4D;&#x5206;&#x533A;&#x88AB;&#x89C2;&#x5BDF;&#x6CBF;&#x5B9A;&#x4E49;&#x6E10;&#x53D8;&#x7684;&#x6C27;&#x6C14;&#x548C;&#x78F7;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x7ED3;&#x679C;&#x63A8;&#x65AD;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x4EE3;&#x8C22;&#x7684;&#x6C2E;&#x3001; &#x78B3;&#x548C;&#x786B;&#x6C27;&#x7F3A;&#x6D77;&#x6D0B;&#x6C34;&#x57DF;&#x5185;&#x9A91;&#x81EA;&#x884C;&#x8F66;&#x7684;&#x63D0;&#x4F9B;&#x4E00;&#x4E2A;&#x9C81;&#x68D2;&#x7684;&#x6BD4;&#x8F83;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x53D1;&#x80B2;&#x6846;&#x67B6;&#xFF0C;&#x5E76;&#x5EFA;&#x7ACB;&#x8428;&#x5C3C;&#x5947;&#x6E7E;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x6E29;&#x987A;&#x6A21;&#x578B;&#x7814;&#x7A76;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x843D;&#x54CD;&#x5E94;&#x4E0D;&#x65AD;&#x53D8;&#x5316;&#x7684;&#x6C34;&#x5217;&#x7F3A;&#x6C27;&#x7684;&#x6C34;&#x5E73;&#x3002;

&#x5B63;&#x8282;&#x6027;&#x7F3A;&#x6C27;&#x7684;&#x5CE1;&#x6E7E;&#x4E2D;&#x7684;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x843D;&#x52A8;&#x6001;&#xFF1A; &#x8428;&#x5C3C;&#x5947;&#x5165;&#x53E3;&#xFF0C;&#x4E0D;&#x5217;&#x98A0;&#x54E5;&#x4F26;&#x6BD4;&#x4E9A;&#x7701;&#x3002;

&#x4F4E;&#x6C27;&#x533A;&#xFF0C;&#x4E5F;&#x79F0;&#x4E3A;&#x6D77;&#x6D0B;&quot;&#x6B7B;&#x4EA1;&#x533A;&#xFF0C;&quot;&#x662F;&#x56E0;&#x4E3A;&#x5168;&#x7403;&#x53D8;&#x6696;&#x76EE;&#x524D;&#x6B63;&#x5728;&#x6269;&#x5927;&#x7684;&#x666E;&#x904D;&#x6D77;&#x6D0B;&#x5B66;&#x7279;&#x5F81;&#x3002;&#x867D;&#x7136;&#x540E;&#x751F;&#x751F;&#x547D;&#x7684;&#x8352;&#x51C9;&#xFF0C;&#x4ED6;&#x4EEC;&#x652F;&#x6301;&#x5176;&#x4EE3;&#x8C22;&#x6D3B;&#x52A8;&#x5F71;&#x54CD;&#x517B;&#x5206;&#x548C;&#x75D5;&#x91CF;&#x6C14;&#x4F53;&#x5FAA;&#x73AF;&#x5185;&#x5168;&#x7403;&#x6D77;&#x6D0B;&#x795E;&#x79D8;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x62A5;&#x544A;&#x6700;&#x4F4E;&#x533A;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269; (SUP05) &#x4E0E;&#x6709;&#x5173;&#x7684;&#x81EA;&#x517B;&#x9CC3;&#x5171;&#x751F;&#x7684;&#x6DF1;&#x6D77;&#x86E4;&#x3001; &#x8D3B;&#x8D1D;&#x7684;&#x65E0;&#x5904;&#x4E0D;&#x5728;&#x548C;&#x4E30;&#x5BCC;&#x4F46;&#x672A;&#x5F00;&#x57A6;&#x7684;&#x6C27;&#x83CC;&#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684;&#x5206;&#x6790;&#x3002;SUP05 &#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6E2F;&#x53E3;&#x591A;&#x529F;&#x80FD;&#x6C47;&#x8F91; &#x300B; &#x8C03;&#x89E3;&#x81EA;&#x517B;&#x78B3;&#x540C;&#x5316;&#x3001; &#x786B;&#x6C27;&#x5316;&#x548C;&#x785D;&#x9178;&#x76D0;&#x547C;&#x5438;&#x9002;&#x5E94;&#x8303;&#x56F4;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x7684;&#x6C34;&#x5217;&#x6C27;&#x5316;&#x8FD8;&#x539F;&#x72B6;&#x6001;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x5206;&#x6790;&#x7406;&#x89E3;&#x5728;&#x6C27;&#x6C14;&#x4E0D;&#x8DB3;&#x7684;&#x5927;&#x6D0B;&#x6C34;&#x57DF;&#x7684;&#x4E2D;&#x4E0A;&#x5C42; SUP05 &#x7684;&#x751F;&#x6001;&#x548C;&#x751F;&#x7269;&#x5730;&#x7403;&#x5316;&#x5B66;&#x4F5C;&#x7528;&#x548C;&#x53CA;&#x5176;&#x5BF9;&#x73AF;&#x5883;&#x53D8;&#x5316;&#x7684;&#x6F5C;&#x5728;&#x654F;&#x611F;&#x6027;&#x63D0;&#x4F9B;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x57FA;&#x7840;&#x3002;

&#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684;&#x901A;&#x7528; chemolithoautotroph &#x4ECE;&#x6269;&#x5927;&#x6D77;&#x6D0B;&#x6B7B;&#x533A;&#x3002;

Oxygen minimum zones, also known as oceanic "dead zones," are widespread oceanographic features currently expanding because of global warming. Although inhospitable to metazoan life, they support a cryptic microbiota whose metabolic activities affect nutrient and trace gas cycling within the global ocean. Here, we report metagenomic analyses of a ubiquitous and abundant but uncultivated oxygen minimum zone microbe (SUP05) related to chemoautotrophic gill symbionts of deep-sea clams and mussels. The SUP05 metagenome harbors a versatile repertoire of genes mediating autotrophic carbon assimilation, sulfur oxidation, and nitrate respiration responsive to a wide range of water-column redox states. Our analysis provides a genomic foundation for understanding the ecological and biogeochemical role of pelagic SUP05 in oxygen-deficient oceanic waters and its potential sensitivity to environmental changes.

Metagenome of a versatile chemolithoautotroph from expanding oceanic dead zones.

Zones de minimum d&#x26;#39;oxyg&#xE8;ne, aussi connu comme &#x26;quot;zones mortes oc&#xE9;aniques&#xBB;, sont r&#xE9;pandues caract&#xE9;ristiques oc&#xE9;anographiques actuellement en expansion en raison du r&#xE9;chauffement climatique. Bien que inhospitali&#xE8;res &#xE0; la vie m&#xE9;tazoaire, ils soutiennent un microbiote cryptique dont les activit&#xE9;s affectent le cyclisme m&#xE9;tabolique des nutriments et de gaz de trace dans l&#x26;#39;oc&#xE9;an mondial. Ici, nous pr&#xE9;sentons une analyse m&#xE9;tag&#xE9;nomique d&#x26;#39;un microbe zone d&#x26;#39;oxyg&#xE8;ne minimum omnipr&#xE9;sente et abondante, mais inculte (SUP05) li&#xE9;e &#xE0; chimiotrophes symbiotes maillants de haute mer palourdes et les moules. Le m&#xE9;tag&#xE9;nome SUP05 abrite un r&#xE9;pertoire vari&#xE9; de g&#xE8;nes de m&#xE9;diation assimilation du carbone autotrophe, l&#x26;#39;oxydation du soufre, et la respiration nitrate en r&#xE9;ponse &#xE0; un large &#xE9;ventail de la colonne d&#x26;#39;eau &#xE9;tats redox. Notre analyse fournit une base g&#xE9;nomique pour comprendre le r&#xF4;le &#xE9;cologique et biog&#xE9;ochimique de SUP05 p&#xE9;lagiques dans les eaux oc&#xE9;aniques pauvres en oxyg&#xE8;ne et sa sensibilit&#xE9; potentielle aux changements environnementaux.

M&#xE9;tag&#xE9;nome d&#x26;#39;un Chemolithoautotroph polyvalent de l&#x26;#39;expansion zones oc&#xE9;aniques mortes

Sauerstoff minimale Zonen, auch bekannt als ozeanische &quot;toten Zonen&quot; sind weit verbreitete ozeanographische Features, die derzeit wegen der globalen Erw&auml;rmung erweitern. Obwohl indem Leben unwirtlich, unterst&uuml;tzen sie eine kryptische Microbiota, deren metabolischen Aktivit&auml;ten N&auml;hrstoff und Trace Gas Radfahren innerhalb des globalen Ozeans auswirken. Hier berichten wir &uuml;ber durchgef&uuml;hrte metagenomische Analysen von einem allgegenw&auml;rtigen und reichlich aber Wildpflanze Sauerstoff gramnegativer Gill Symbionten von Tiefsee-Muscheln und Muscheln minimale Zone Mikrobe (SUP05) verwandt. Die SUP05 Metagenome birgt ein vielseitiges Repertoire von Genen, die Vermittlung von autotrophen CO2-Assimilation, Schwefel-Oxidation und Nitrat-Atmung, die auf eine Vielzahl von Wasser-Spalte Redox Staaten reagieren. Unsere Analyse bietet eine genomische Grundlage f&uuml;r das Verst&auml;ndnis der &ouml;kologischen und biogeochemische Rolle der pelagische SUP05 in Sauerstoff-Mangel ozeanischen Gew&auml;ssern und seine m&ouml;gliche Empfindlichkeit gegen&uuml;ber Umweltver&auml;nderungen.

Metagenome von einer vielseitigen Chemolithoautotroph ozeanische Tote Zonen erweitern.

Ossigeno minimi zone, noto anche come oceaniche &quot;dead zone,&quot; sono caratteristiche oceanografiche diffuse attualmente in espansione a causa del riscaldamento globale. Sebbene inospitale alla vita metazoi, sostengono un criptico microbiota cui attivit&agrave; metaboliche influenzano gas nutrienti e traccia in bicicletta dentro l&#39;oceano globale. Riportiamo qui, analisi metagenomica di un onnipresente e abbondante ma incolto ossigeno microbo area minimo (SUP05) relativi a simbionti chemioautotrofi gill d&#39;altura vongole e cozze. Il metagenome SUP05 porti un repertorio versatile dei geni mediando assimilazione del carbonio autotrofi, ossidazione dello zolfo e nitrato respirazione sensible a reagire a una vasta gamma di stati di redox di colonna d&#39;acqua. La nostra analisi fornisce una base genomica per comprendere il ruolo ecologico e biogeochimico del SUP05 pelagica in acque oceaniche deficit di ossigeno e la potenziale sensibilit&agrave; ai cambiamenti ambientali.

Metagenome di un versatile chemolithoautotroph dall&#39;espansione oceaniche zone morte.

&#x307E;&#x305F;&#x3001;&#x6D77;&#x6D0B;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x77E5;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x9178;&#x7D20;&#x6975;&#x5C0F;&#x30BE;&#x30FC;&#x30F3;&#x3001; &#x26;quot;&#x30C7;&#x30C3;&#x30C9;&#x30BE;&#x30FC;&#x30F3;&#x26;quot;&#x306F;&#x3001;&#x73FE;&#x5728;&#x3001;&#x5730;&#x7403;&#x6E29;&#x6696;&#x5316;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x62E1;&#x5927;&#x3057;&#x3066;&#x5E83;&#x7BC4;&#x56F2;&#x306E;&#x6D77;&#x6D0B;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x5F8C;&#x751F;&#x52D5;&#x7269;&#x306E;&#x751F;&#x6D3B;&#x306B;&#x7121;&#x611B;&#x60F3;&#x3067;&#x3059;&#x304C;&#x3001;&#x5F7C;&#x3089;&#x306F;&#x305D;&#x306E;&#x4EE3;&#x8B1D;&#x6D3B;&#x52D5;&#x306E;&#x30B0;&#x30ED;&#x30FC;&#x30D0;&#x30EB;&#x6D77;&#x306E;&#x4E2D;&#x306B;&#x6804;&#x990A;&#x7D20;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x5FAE;&#x91CF;&#x30AC;&#x30B9;&#x306E;&#x5FAA;&#x74B0;&#x306B;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x4E0E;&#x3048;&#x308B;&#x8B0E;&#x3081;&#x3044;&#x305F;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x3092;&#x30B5;&#x30DD;&#x30FC;&#x30C8;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x6DF1;&#x6D77;&#x306E;&#x8C9D;&#x3001;&#x30E0;&#x30FC;&#x30EB;&#x8C9D;&#x306A;&#x3069;&#x306E;&#x5316;&#x5B66;&#x5408;&#x6210;&#x72EC;&#x7ACB;&#x6804;&#x990A;&#x9C13;&#x5171;&#x751F;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x3057;&#x305F;&#x30E6;&#x30D3;&#x30AD;&#x30BF;&#x30B9;&#x3068;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x306A;&#x3057;&#x304B;&#x3057;&#x3001;&#x8015;&#x4F5C;&#x9178;&#x7D20;&#x6975;&#x5C0F;&#x5E2F;&#x306E;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#xFF08;SUP05&#xFF09;&#x306E;&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x89E3;&#x6790;&#x3092;&#x5831;&#x544A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002; SUP05&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306F;&#x3001;&#x6804;&#x990A;&#x306E;&#x70AD;&#x7D20;&#x540C;&#x5316;&#x3001;&#x786B;&#x9EC4;&#x9178;&#x5316;&#x3001;&#x6C34;&#x30AB;&#x30E9;&#x30E0;&#x9178;&#x5316;&#x9084;&#x5143;&#x72B6;&#x614B;&#x306E;&#x5E83;&#x3044;&#x7BC4;&#x56F2;&#x306B;&#x5FDC;&#x3058;&#x305F;&#x785D;&#x9178;&#x547C;&#x5438;&#x3092;&#x5A92;&#x4ECB;&#x3059;&#x308B;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x591A;&#x5F69;&#x306A;&#x30EC;&#x30D1;&#x30FC;&#x30C8;&#x30EA;&#x30FC;&#x3092;&#x62B1;&#x3044;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306E;&#x5206;&#x6790;&#x3067;&#x306F;&#x9178;&#x7D20;&#x6B20;&#x640D;&#x6D77;&#x6D0B;&#x6C34;&#x3068;&#x74B0;&#x5883;&#x306E;&#x5909;&#x5316;&#x3078;&#x306E;&#x6F5C;&#x5728;&#x7684;&#x306A;&#x611F;&#x53D7;&#x6027;&#x306E;&#x9060;&#x6D0B;SUP05&#x306E;&#x751F;&#x614B;&#x7CFB;&#x3068;&#x751F;&#x7269;&#x5730;&#x7403;&#x5316;&#x5B66;&#x7684;&#x5F79;&#x5272;&#x3092;&#x7406;&#x89E3;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x57FA;&#x76E4;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x6D77;&#x6D0B;&#x30C7;&#x30C3;&#x30C9;&#x30BE;&#x30FC;&#x30F3;&#x306E;&#x62E1;&#x5927;&#x304B;&#x3089;&#x591A;&#x5F69;&#x306A;Chemolithoautotroph&#x306E;&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;

&#xC0B0;&#xC18C; &#xCD5C;&#xC18C; &#xC601;&#xC5ED; &#xC774;&#xB77C;&#xACE0; &#xD574;&#xC591; &quot;&#xC8FD;&#xC740; &#xC601;&#xC5ED;&quot;&#xC740; &#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD55C; &#xD574;&#xC591; &#xAE30;&#xB2A5; &#xD604;&#xC7AC; &#xC9C0;&#xAD6C; &#xC628;&#xB09C;&#xD654; &#xB54C;&#xBB38;&#xC5D0; &#xD655;&#xB300;. Metazoan &#xC778;&#xC0DD;&#xC5D0; &#xD5D8;&#xD55C; &#xC77C; &#xC218; &#xC788;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC740; &#xB204;&#xAD6C;&#xC758; &#xC2E0;&#xC9C4; &#xB300;&#xC0AC; &#xD65C;&#xB3D9;&#xC5D0; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xBBF8;&#xCE60; &#xAE00;&#xB85C;&#xBC8C; &#xC624;&#xC158; &#xB0B4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC0AC;&#xC774;&#xD074;&#xB9C1; &#xD558;&#xB294; &#xC601;&#xC591;&#xC18C;&#xC640; &#xCD94;&#xC801; &#xAC00;&#xC2A4; &#xC774;&#xC0C1;&#xD55C; microbiota &#xC9C0;&#xC6D0;. &#xC5EC;&#xAE30;&#xC5D0;&#xC11C;, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xCD5C;&#xC18C; &#xC601;&#xC5ED; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; (SUP05)&#xC640; &#xAD00;&#xB828;&#xC774; &#xAE4A;&#xC740; &#xBC14;&#xB2E4; &#xC870;&#xAC1C;&#xC640; &#xD64D;&#xD569;&#xC758; chemoautotrophic &#xAE38; symbionts &#xC720;&#xBE44; &#xCFFC;&#xD130; &#xC2A4;&#xC640; &#xD48D;&#xBD80;&#xD55C; &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xBBF8; &#xAC1C; &#xC0B0;&#xC18C;&#xC758; metagenomic &#xBD84;&#xC11D; &#xBCF4;&#xACE0;&#xC11C;. &#xC911;&#xC7AC; autotrophic &#xD0C4;&#xC18C; &#xB3D9;&#xD654; &#xC791;&#xC6A9;, &#xC720;&#xD669; &#xC0B0;&#xD654; &#xBC0F; &#xC9C8;&#xC0B0;&#xC5FC; &#xD638;&#xD761; &#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD55C; &#xBB3C; &#xC5F4; &#xC0B0;&#xD654; &#xC0C1;&#xD0DC;&#xC5D0; &#xBBFC;&#xAC10;&#xD558;&#xAC8C; &#xBC18;&#xC751; &#xD558;&#xB294; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xB808; &#xD37C; &#xD1A0;&#xB9AC;&#xB97C; &#xBE44;&#xD638; &#xD558;&#xB294; SUP05 metagenome. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xBD84;&#xC11D; &#xC0B0;&#xC18C; &#xBD88;&#xCDA9;&#xBD84; &#xD55C; &#xD574;&#xC591; &#xBC14;&#xB2E4;&#xC5D0; &#xC6D0;&#xC591; sup05&#xC758; &#xC0DD;&#xD0DC; &#xBC0F; &#xD654;&#xD559;&#xC801; &#xC5ED;&#xD560; &#xBC0F; &#xADF8;&#xAC83;&#xC758; &#xC7A0;&#xC7AC;&#xC801;&#xC778; &#xAC10;&#xB3C4; &#xD658;&#xACBD; &#xBCC0;&#xD654;&#xB97C; &#xC774;&#xD574; &#xD558;&#xB294; &#xAC8C;&#xB188; &#xC7AC;&#xB2E8;&#xC744; &#xC81C;&#xACF5; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xD574;&#xC591; &#xC8FD;&#xC740; &#xC601;&#xC5ED; &#xD655;&#xB300;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB2E4;&#xC7AC; &#xB2E4;&#xB2A5; &#xD55C; chemolithoautotroph&#xC758; Metagenome.

Zonas de m&#xED;nimo ox&#xED;geno, tambi&#xE9;n conocidas como &#x26;quot;zonas muertas oce&#xE1;nicas&#x26;quot;, son generalizadas las caracter&#xED;sticas oceanogr&#xE1;ficas en la actualidad en expansi&#xF3;n debido al calentamiento global. Aunque inh&#xF3;spito para la vida de los metazoos, apoyan una microbiota cr&#xED;ptica, cuyas actividades metab&#xF3;licas afectan ciclo de nutrientes y gases traza en el oc&#xE9;ano mundial. Aqu&#xED;, se presenta el an&#xE1;lisis de metagen&#xF3;mica un microbio zona de ox&#xED;geno en todas partes y abundante, pero sin cultivar m&#xED;nimo (SUP05) en relaci&#xF3;n con quimioautotr&#xF3;ficas simbiontes de enmalle de aguas profundas almejas y mejillones. El metagenoma SUP05 alberga un repertorio vers&#xE1;til de los genes que median la asimilaci&#xF3;n autotr&#xF3;fico de carbono, la oxidaci&#xF3;n de azufre, y la respiraci&#xF3;n nitrato sensible a una amplia gama de estados de columna de agua redox. Nuestro an&#xE1;lisis proporciona una base gen&#xF3;mica para la comprensi&#xF3;n del papel ecol&#xF3;gico y biogeoqu&#xED;mico de pel&#xE1;gicos SUP05 en la deficiencia de ox&#xED;geno en aguas oce&#xE1;nicas y su sensibilidad potencial de los cambios ambientales.

Metagenoma de un Chemolithoautotroph vers&#xE1;til de la ampliaci&#xF3;n de zonas muertas oce&#xE1;nicas

&#x5728;&#x7279;&#x7ACB;&#x5C3C;&#x8FBE;&#x548C;&#x591A;&#x5DF4;&#x54E5;&#x7684;&#x6CA5;&#x9752;&#x6E56;&#x662F;&#x77F3;&#x6CB9;&#x7684;&#x9760;&#x53D8;&#x6868;&#x6E17;&#x6F0F;&#xFF0C;&#x7A97;&#x4F53;&#x7684;&#x5305;&#x542B;&#x4E3B;&#x8981;&#x662F;&#x77F3;&#x6CB9;&#x7684;&#x6CA5;&#x9752;&#xFF0C;&#x4ECE;&#x5468;&#x8FB9;&#x7684;&#x77F3;&#x6CB9;&#x8D44;&#x6E90;&#x4E30;&#x5BCC;&#x5730;&#x533A;&#x5929;&#x7136;&#x6CA5;&#x9752;&#x6C34;&#x5E93;&#x3002;&#x671F;&#x95F4;&#x5411;&#x4E0A;&#x6E17;&#x6D41;&#x4F5C;&#x7528;&#xFF0C;&#x6CA5;&#x9752;&#x4E0E;&#x6CE5;&#x548C;&#x5728;&#x9AD8;&#x538B;&#x529B;&#x4E0B;&#xFF0C;&#x6C14;&#x4F53;&#x6DF7;&#x5408;&#x548C;&#x4EFD;&#x91CF;&#x8F7B;&#x84B8;&#x53D1;&#x6216;&#x8005;&#x6325;&#x53D1;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x4F1A;&#x4EA7;&#x751F;&#x4E00;&#x4E2A;&#x7279;&#x70B9;&#x662F;&#x4F4E;&#x6C34;&#x6D3B;&#x52A8;&#x3001; &#x987D;&#x56FA;&#x78B3;&#x57FA;&#x8D28;&#x548C;&#x6709;&#x6BD2;&#x5316;&#x5B66;&#x7269;&#x8D28;&#x7684;&#x6DB2;&#x4F53;&#x6CA5;&#x9752;&#x6B8B;&#x7559;&#x7269;&#x5316;&#x5408;&#x7269;&#x3002;&#x6D3B;&#x8DC3;&#x7684;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x843D;&#x7684;&#x53E4;&#x751F;&#x83CC;&#x548C;&#x7EC6;&#x83CC;&#xFF0C;&#x5176;&#x4E2D;&#x8BB8;&#x591A;&#x4EBA;&#x7A81;&#x53D8;&#x682A; &#xFF08;&#x5C24;&#x5176;&#x662F;&#x6765;&#x81EA;&#x65B0;&#x7684;&#x7126;&#x6CB9;&#x5F27;&#x96C6;&#x56E2;&#xFF09;&#xFF0C;&#x7980;&#x751F;&#x7269;&#x91CF;&#x7531;&#x6BCF;&#x514B;&#xFF0C;10(7) &#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x88AB;&#x53D1;&#x73B0;&#x6240;&#x5C45;&#x4F4F;&#x7684;&#x6DB2;&#x6001;&#x70C3;&#x77E9;&#x9635;&#x7684;&#x6CA5;&#x9752;&#x6E56;&#x3002;&#x5730;&#x7403;&#x5316;&#x5B66;&#x548C;&#x5206;&#x5B50;&#x5206;&#x7C7B;&#x5B66;&#x65B9;&#x6CD5;&#x63ED;&#x793A;&#x591A;&#x6837;&#x3001; &#x65B0;&#x9896;&#xFF0C;&#x5E76;&#x6DF1;&#x611F;&#x5206;&#x652F;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x5177;&#x6709;&#x6F5C;&#x529B;&#x6765;&#x8C03;&#x89E3;&#x538C;&#x6C27;&#x70C3;&#x9000;&#x5316;&#x8FDB;&#x7A0B;&#x4E2D;&#x4E0D;&#x540C;&#x90E8;&#x5206;&#x7684;&#x6CA5;&#x9752;&#x5217;&#x7684;&#x6CBF;&#x88AD;&#x3002;&#x6B64;&#x5916;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x53D1;&#x73B0;&#x7532;&#x70F7;&#x53E4;&#x83CC;&#x7684;&#x4EE3;&#x8C22;&#x548C;&#x96B6;&#x5C5E;&#x4E8E;&#x517C;&#x6027;&#x53CA;&#x9884;&#x7559;&#x538C;&#x6C27;&#x786B;-&#x548C;&#x4E9A;&#x785D;&#x9178;&#x76D0;&#x6C27;&#x5316;&#x7EC6;&#x83CC;&#x7684;&#x7279;&#x5B9A;&#x57FA;&#x56E0;&#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x6807;&#x8BB0;&#x3002;&#x5728;&#x6CA5;&#x9752;&#x6E56;&#x7684;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x591A;&#x6837;&#x6027;&#x88AB;&#x53D1;&#x73B0;&#x662F;&#x552F;&#x4E00;&#x65F6;&#x76F8;&#x6BD4;&#xFF0C;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x843D;&#x5728;&#x5176;&#x4ED6;&#x5BCC;&#x542B;&#x78B3;&#x6C22;&#x5316;&#x5408;&#x7269;&#x7684;&#x73AF;&#x5883;&#xFF0C;&#x5176;&#x4E2D;&#x5305;&#x62EC;&#x5170;&#x4E54;&#x52D2;&#x5E03;&#x96F7;&#x4E9A;&#xFF0C;&#x5728;&#x52A0;&#x5DDE;&#x3001; &#x534E;&#x76DB;&#x987F;&#x548C;&#x6CB9;&#x4E95;&#x7684;&#x5929;&#x7136;&#x6CA5;&#x9752;&#x73AF;&#x5883;&#x548C;&#x6CE5;&#x706B;&#x5C71;&#x5728;&#x7279;&#x7ACB;&#x5C3C;&#x8FBE;&#x548C;&#x591A;&#x5DF4;&#x54E5;&#xFF0C;&#x5176;&#x4ED6;&#x7AD9;&#x70B9;&#x4E4B;&#x95F4;&#x8FDB;&#x884C;&#x5206;&#x6790;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x7ED3;&#x679C;&#x5230;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x751F;&#x6001;&#x5B66;&#x548C;&#x751F;&#x7269;&#x5730;&#x7403;&#x5316;&#x5B66;&#x7684;&#x987D;&#x6297;&#x70C3;&#x7C7B;&#x77E9;&#x9635;&#x6253;&#x5F00;&#x4E00;&#x4E2A;&#x7A97;&#x53E3;&#xFF0C;&#x5E76;&#x5EFA;&#x7ACB;&#x8BE5;&#x7F51;&#x7AD9;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x5730;&#x9762;&#x6A21;&#x62DF;&#x5EFA;&#x6A21;&#x7684;&#x70C3;&#x7C7B;&#x6E56;&#x6CCA;&#x5982;&#x5728;&#x571F;&#x661F;&#x6700;&#x5927;&#x536B;&#x661F;&#x571F;&#x536B;&#x516D;&#x4E0A;&#x627E;&#x5230;&#x7684;&#x751F;&#x7269;&#x6F5C;&#x80FD;&#x3002;

&#x6DB2;&#x4F53;&#x6CA5;&#x9752;&#x6C99;&#x6F20;&#x4E2D;&#x7684;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x751F;&#x547D;&#x3002;

Pitch Lake in Trinidad and Tobago is a natural asphalt reservoir nourished by pitch seepage, a form of petroleum that consists of mostly asphaltines, from the surrounding oil-rich region. During upward seepage, pitch mixes with mud and gases under high pressure, and the lighter portion evaporates or is volatilized, which produces a liquid asphalt residue characterized by low water activity, recalcitrant carbon substrates, and noxious chemical compounds. An active microbial community of archaea and bacteria, many of them novel strains (particularly from the new Tar ARC groups), totaling a biomass of up to 10(7) cells per gram, was found to inhabit the liquid hydrocarbon matrix of Pitch Lake. Geochemical and molecular taxonomic approaches revealed diverse, novel, and deeply branching microbial lineages with the potential to mediate anaerobic hydrocarbon degradation processes in different parts of the asphalt column. In addition, we found markers for archaeal methane metabolism and specific gene sequences affiliated with facultative and obligate anaerobic sulfur- and nitrite-oxidizing bacteria. The microbial diversity at Pitch Lake was found to be unique when compared to microbial communities analyzed at other hydrocarbon-rich environments, which included Rancho Le Brea, a natural asphalt environment in California, USA, and an oil well and a mud volcano in Trinidad and Tobago, among other sites. These results open a window into the microbial ecology and biogeochemistry of recalcitrant hydrocarbon matrices and establish the site as a terrestrial analogue for modeling the biotic potential of hydrocarbon lakes such as those found on Saturn's largest moon Titan.

Microbial life in a liquid asphalt desert.

Pitch Lake &#xE0; Trinit&#xE9;-et-Tobago est un r&#xE9;servoir d&#x26;#39;asphalte naturel nourri par infiltration hauteur, une forme de p&#xE9;trole qui se compose de la plupart des asphaltines, de la entourant r&#xE9;gion riche en p&#xE9;trole. Au cours d&#x26;#39;infiltration vers le haut, la hauteur se m&#xE9;lange avec la boue et de gaz sous haute pression, et l&#x26;#39;&#xE9;vaporation partie plus l&#xE9;gers ou est volatilis&#xE9;, qui produit un r&#xE9;sidu d&#x26;#39;asphalte liquide, caract&#xE9;ris&#xE9; par une activit&#xE9; d&#x26;#39;eau faible, substrats de carbone r&#xE9;calcitrants, et les compos&#xE9;s chimiques toxiques. Une communaut&#xE9; microbienne active des arch&#xE9;es et des bact&#xE9;ries, beaucoup d&#x26;#39;entre eux de nouvelles souches (en particulier parmi les groupes de nouvelles ARC de goudron), totalisant une biomasse d&#x26;#39;un maximum de 10 (7) cellules par gramme, a &#xE9;t&#xE9; retrouv&#xE9; &#xE0; habiter la matrice d&#x26;#39;hydrocarbure liquide de Pitch Lake. Des approches taxonomiques g&#xE9;ochimiques et mol&#xE9;culaire a r&#xE9;v&#xE9;l&#xE9; diverses, le roman, et profond&#xE9;ment ramification lign&#xE9;es microbiennes avec le potentiel de servir de m&#xE9;diateur processus de d&#xE9;gradation ana&#xE9;robie d&#x26;#39;hydrocarbures dans les diff&#xE9;rentes parties de la colonne d&#x26;#39;asphalte. En outre, nous avons trouv&#xE9; des marqueurs pour le m&#xE9;tabolisme du m&#xE9;thane Archaea et des s&#xE9;quences de g&#xE8;nes sp&#xE9;cifiques affili&#xE9; &#xE0; facultatifs et obligatoires bact&#xE9;ries ana&#xE9;robies de soufre et de nitrite de-oxydant. La diversit&#xE9; microbienne au Pitch Lake a &#xE9;t&#xE9; trouv&#xE9; pour &#xEA;tre unique par rapport aux communaut&#xE9;s microbiennes analys&#xE9;es &#xE0; des environnements riches en hydrocarbures autres, ce qui inclus Rancho Le Brea, un environnement d&#x26;#39;asphalte naturel en Californie, Etats-Unis, et un puits de p&#xE9;trole et un volcan de boue &#xE0; la Trinit&#xE9;-et Tobago, entre autres sites. Ces r&#xE9;sultats ouvrent une fen&#xEA;tre sur l&#x26;#39;&#xE9;cologie microbienne et biog&#xE9;ochimie des matrices d&#x26;#39;hydrocarbures r&#xE9;calcitrants et d&#x26;#39;&#xE9;tablir le site comme un analogue terrestre pour la mod&#xE9;lisation du potentiel biotique des lacs d&#x26;#39;hydrocarbures tels que ceux trouv&#xE9;s sur la plus grande lune de Saturne Titan.

La vie microbienne dans un d&#xE9;sert d&#x26;#39;asphalte liquide

Pitch See in Trinidad und Tobago ist ein nat&uuml;rlicher Asphalt-Stausee, gen&auml;hrt von Tonh&ouml;he sickern, eine Form von Erd&ouml;l, der meist Asphaltines, aus der &ouml;lreichen Region besteht. W&auml;hrend aufw&auml;rts sickern, Tonh&ouml;he vermischt mit Schlamm und unter hohem Druck stehendes Gas, und der leichtere Teil verdunstet oder volatilized ist, erzeugt einen fl&uuml;ssigen Asphalt-R&uuml;ckstand zeichnet sich durch niedrigen Wasseraktivit&auml;t, widerspenstige Kohlenstoff Substrate und sch&auml;dliche chemische Verbindungen. Eine aktive mikrobielle Community von Archaeen und Bakterien, viele von ihnen neuen St&auml;mmen (vor allem aus den neuen Tar ARC Gruppen), mit eine Biomasse von bis zu 7 Zellen pro Gramm, insgesamt wurde festgestellt, dass die fl&uuml;ssige Kohlenwasserstoff-Matrix der Pitch Lake bewohnen. Geochemische und Molekulare taxonomischen Ans&auml;tzen offenbart, vielf&auml;ltig, Roman, und tief Verzweigung mikrobielle &Uuml;bertragungslinien mit dem Potenzial, anaeroben Kohlenwasserstoff Abbauprozesse in verschiedenen Teilen der Asphalt Spalte zu vermitteln. Dar&uuml;ber hinaus fanden wir Marker f&uuml;r reitenden Methan Stoffwechsel und spezifischen Gensequenzen, die fakultative und obligat anaeroben Schwefel - und Nitrit oxidierenden Bakterien angegliedert. Die mikrobielle Vielfalt im Pitch Lake wurde festgestellt, dass im Vergleich zu den Mikrobengemeinschaften analysiert bei anderen kohlenwasserstoffreichen-Umgebungen, die Rancho Le Brea, einer nat&uuml;rlichen Asphalt-Umgebung in Kalifornien, USA, und eine &Ouml;lquelle und ein Schlammvulkan in Trinidad und Tobago, unter anderen Seiten enthalten eindeutig sein. Diese Ergebnisse &ouml;ffnen Sie ein Fenster in die Mikrobielle &Ouml;kologie und Biogeochemie widerspenstige Kohlenwasserstoff-Matrizen und die Website als ein terrestrisch analog zur Modellierung des Biotic-Potenzials der Kohlenwasserstoff-Seen, z. B. am gr&ouml;&szlig;ten Saturnmondes Titan einzurichten.

Mikrobielles Leben in einer fl&uuml;ssigen Asphalt-W&uuml;ste.

Pitch Lake in Trinidad e Tobago &egrave; un serbatoio di asfalto naturale alimentato da infiltrazioni di pece, una forma di petrolio che &egrave; costituito per lo pi&ugrave; asphaltines, la regione circostante ricco di petrolio. Durante l&#39;infiltrazione al rialzo, pitch mescola con fango e gas ad alta pressione, e la parte pi&ugrave; leggera evapora o viene estraibili, che produce un residuo liquido asfalto caratterizzato da acqua bassa attivit&agrave;, substrati di carbonio recalcitrante e sostanze chimiche nocive composti. Un&#39;attiva comunit&agrave; microbica di archaea e batteri, molti di loro nuovi ceppi (in particolare da gruppi i nuovi Tar ARC), per un totale di una biomassa di fino a 10 celle per grammo, &egrave; stata trovata ad per abitare la matrice idrocarburo liquido del Pitch Lake. Geochimici molecolari tassonomici approcci e rivelato diversi, romanzo e profondamente ramificazione lignaggi microbiche con il potenziale per mediare i processi di degradazione anaerobica degli idrocarburi in diverse parti della colonna asfalto. Inoltre, abbiamo trovato marcatori per metabolismo metano archaeal e sequenze di geni specifici sono affiliati con batteri aerobi facoltativi e obbligati anaerobica zolfo - e nitrito-ossidanti. La diversit&agrave; microbica al Pitch Lake &egrave; stata trovata per essere univoco rispetto alla comunit&agrave; microbiche analizzate presso altri ambienti ricchi di idrocarburi, che comprendeva Rancho Le Brea, un ambiente di asfalto naturale in California, USA e un pozzo di petrolio e un vulcano di fango in Trinidad e Tobago, tra altri siti. Questi risultati aprono una finestra in ecologia microbica e biogeochimica di matrici di idrocarburi recalcitrante e stabiliscono il sito come un analogo terrestre per modellare il potenziale biotico di laghi di idrocarburi quali quelli che si trovano sulla pi&ugrave; grande luna di Saturno, Titano.

Vita microbica in un deserto di asfalto liquido.

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&#xC561;&#xCCB4; &#xC544;&#xC2A4;&#xD314;&#xD2B8; &#xC0AC;&#xB9C9;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xC0DD;&#xBA85;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Lago Pitch en Trinidad y Tobago es un dep&#xF3;sito de asfalto natural alimentada por la filtraci&#xF3;n de tono, una forma de petr&#xF3;leo, que se compone en su mayor&#xED;a de asfaltenos, de la que rodea regi&#xF3;n rica en petr&#xF3;leo. Durante la filtraci&#xF3;n hacia arriba, el tono se mezcla con el lodo y los gases a alta presi&#xF3;n, y que se evapore la porci&#xF3;n m&#xE1;s ligeros o volatilizado se, que produce un residuo de asfalto l&#xED;quido caracterizado por baja actividad de agua, sustratos recalcitrantes de carbono, y compuestos qu&#xED;micos nocivos. Una comunidad microbiana activa de las archaea y las bacterias, muchas de ellas nuevas cepas (sobre todo de los grupos de nuevo arco de alquitr&#xE1;n), que suman una biomasa de hasta 10 (7) c&#xE9;lulas por gramo, se encontr&#xF3; que habitan en la matriz de hidrocarburo l&#xED;quido del lago de tono. Enfoques taxon&#xF3;micos geoqu&#xED;micos y molecular puso de manifiesto la novela, diversa, y profundamente ramificaci&#xF3;n linajes microbianos con la posibilidad de mediar en los procesos de degradaci&#xF3;n anaer&#xF3;bica de hidrocarburos en diferentes partes de la columna de asfalto. Adem&#xE1;s, encontramos marcadores de metabolismo de metano Arqueales y las secuencias de genes espec&#xED;ficos afiliada con facultativos y bacterias anaerobias obligadas de azufre-oxidantes y nitrito. La diversidad microbiana en el lago Pitch se encontr&#xF3; que era &#xFA;nico en comparaci&#xF3;n con las comunidades microbianas analizadas en ambientes ricos en hidrocarburos, que inclu&#xED;an otros Rancho Le Brea, un entorno de asfalto natural en California, EE.UU., y un pozo de petr&#xF3;leo y un volc&#xE1;n de lodo en Trinidad y Tobago, entre otros sitios. Estos resultados abren una ventana a la ecolog&#xED;a microbiana y la biogeoqu&#xED;mica de las matrices de hidrocarburos recalcitrantes y establecer el sitio como un an&#xE1;logo terrestre para modelar el potencial bi&#xF3;tico de los lagos de hidrocarburos, tales como las que se encuentran en la mayor luna de Saturno Tit&#xE1;n.

Elena Zaikova

Department of Microbiology and Immunology

University of British Columbia - UBC

Seawater Sampling and Collection

Large Volume (20L+) Filtration of Coastal Seawater Samples

Small Volume (1-3L) Filtration of Coastal Seawater Samples

DNA Extraction from 0.22 μM Sterivex Filters and Cesium Chloride Density Gradient Centrifugation